1958年7月，為加快安徽建設，改變皖北地區人民群眾缺醫少藥的局面，國家決定由原上海第二醫學院（現上海交通大學醫學院）以及安徽醫學院（現安徽醫科大學）援建創立蚌埠醫學院。

蚌埠醫學院是國家首批卓越醫師教育培養計劃試點高校、全國首批專科醫師規范化培訓基地、***大學生創新創業實踐基地和***大學生校外實踐教育基地、教育部臨床醫學“5+3”改革試點高校。學校是國家首批具有學士和碩士學位授予權單位，是教育部碩士研究生推免高校，是陸軍軍醫大學、暨南大學博士研究生聯合培養單位，是安徽省博士學位授予立項建設單位，是安徽省博士后崗位設置單位。

學校坐落于淮河流域重要的交通樞紐城市——蚌埠，瀕臨千里淮河，承山水涵養之靈氣，傳杏林濟世之流芳,現有龍子湖校區、治淮校區、宏業校區、淮上校區和高鐵校區，占地面積1751.8畝，是安徽省園林式單位和綠化模范單位，安徽省首屆教育系統文明單位和安徽省第十一屆文明單位。

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